Nous somme quatre mois après la fin de la première saison. Hiro est au Japon au XVIIème siècle et rencontre Takezo Kensei. Les Bennet ont déménagé en Californie. Claire entre dans un nouveau lycée et rencontre West, une jeune homme. Un frère et une soeur mexicains, Alejandro et Maya, fuient la police et tentent de passer la frontière. Matt, lui, n'est plus avec sa femme et habite à New York avec Molly. Nathan est un alcoolique qui ne fait que penser à ce qui s'est passé la dernière fois qu'il a vu son frère Peter. Kaito et Angela découvrent une photo d'eux avec un l'hélice au dessus...
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